全域土地整治中，農用地整治首要解決的核心問題是耕地碎片化問題，相關依據和政策導向如下：

國家層面政策明確，針對農村地區耕地碎片化問題，統籌實施農用地集中連片整治、質量提升和生態化改造，推動實現布局優化，助力農業現代化建設，這是農用地整治的核心任務之一。多地出臺的實施意見也將耕地碎片化作為農用地整理的首要針對問題，提出統籌實施農用地集中連片整理，推動優質耕地集中連片，促進“小田變大田”，探索林耕置換，優化永久基本農田布局。實踐層面，浙江桐鄉濮院鎮等試點區域通過農用地整理，將原本東一塊西一塊、面積大的不過一兩畝、小的不足一分的碎片化耕地，通過打造“萬畝千方”農業集聚、建設高標準農田等措施，解決了碎片化帶來的規模化經營難題，實現了水稻畝產1730斤、畝均效益近1萬元的成效。

除核心的耕地碎片化問題外，農用地整治還需同步解決耕地數量不足、質量偏低、生態功能退化等關聯問題，最終實現耕地數量、質量、生態“三位一體”保護。